Cuando se lanza el GIMP por primera vez aparecen tres ventanas claramente diferenciadas.De izquierda a derecha se encuentran la Caja de herramientas, la ventana de imagen (es la parte central que lleva por título Programa de manipulación de imágenes de GNU) y el diálogo empotrable Capas, Canales, Rutas, Deshacer.
Puede cerrarse cualquier diálogo empotrable, como el de Capas..., sin ningún efecto añadido. Sin embargo, si se cierra la Caja de herramientas también se cierra GIMP, por lo que hay que tener cuidado al llevar a cabo esta acción. La barra de menús de GIMP presenta la apariencia habitual y en ella se encuentran las opciones comunes a otras aplicaciones (Archivo, Editar, Vista, Herramientas, Ventanas, Ayuda) y otras específicas por tratarse de un programa que gestiona imágenes (Imagen, Capa, Colores, Filtros, FX-Foundry, Script-Fu).
La forma en la que aparecen tanto la caja de herramientas como los diálogos puede modificarse desde el menú Editar utilizando la opción Preferencias:
Probando cada una de ellas se elige la opción que más interese (cada vez que se escoja una de ellas hay que reiniciar el GIMP, esto es, cerrarlo y volver a abrirlo).